F-, Cl-, Br-, SO42-, NO2-, NO3-, PO43-) gibi anyonlar, Pb2+, Cu2+, Cd2+, Co2+, Zn2+ ve Ni2+ metal iyonları ve Li+, Na+, NH4+, K+, Mg2+, Ca2+ gibi katyonların incelenmesi ve tayinine dayalı analizler bu sistem ile yapılmaktadır Çevresel analizler , Gıda ve içecek analizleri, Farmasötik ve biyofarmasötik analizler, Kimyasal analizler ve Fizikokimyasal analizler çeşitli kullanım alanlarıdır.

Katı, sıvı ve gaz örneklerde bulunan uçucu ve yarı uçucu organik maddeler buharlaşarak kapalı ortamda maddenin üzerinde bir tabaka oluşturur. Bu maddelerin incelenmesinde özel bir örnekleme sistemi olan headspace sampler kullanılır. GC/MS cihazına örnek uygulamada kullanılır. Entegre Uniteler : Auto-Sampler, Thermal Desorber ve Headspace

Maddeleri birbirinden ayırarak nitel ve nicel analiz yapar. Ayırma maddelerin molekül ağırlığı, iyonik kuvvet veya bağlanma özelliklerine göre olabilir. Kullanılan alanları: Çevresel analizler: Hava örneklerinde aldehit ve keton analizleri, Katı ve sıvı örneklerde ilaç kalıntılarının incelenmesi, Sanayi atıklarının incelenmesi, Sülfürlü bileşiklerin analizi Organometalik maddelerin analizi